Séquençage métagénomique de nouvelle génération de l'ADN microbien acellulaire (mcfDNA) pour l'identification des agents pathogènes

L'hôpital universitaire de Bâle propose désormais un séquençage métagénomique de nouvelle génération (mNGS) de l'ADN microbien acellulaire (cfDNA) à l'aide de la plateforme DISQVER, qui permet la détection sans culture d'ADN bactérien, viral, parasitaire et fongique dans le plasma et qui est notamment utilisée dans le cas d'infections complexes ou à culture négative. Une extension au lavage broncho-alvéolaire (BAL) et au liquide synovial est en cours de validation.

2026-04-21, 12:02

L'examen comprend l'isolation de l'ADN acellulaire, le séquençage (en collaboration entre le service de pathologie et celui de microbiologie clinique), ainsi que le transfert des données à Noscendo GmbH (Duisbourg, Allemagne) et l'analyse bioinformatique par comparaison avec une base de données de référence validée et conforme au règlement IVDR (DISQVER).

 

Les données disponibles1-5 montrent une valeur ajoutée diagnostique du mNGS basé sur l'ADN libre circulant (cfDNA), en particulier dans les infections à culture négative et celles ayant déjà fait l'objet d'un traitement. La plateforme sous-jacente est décrite, dans le cadre d'une analyse récente de l'OMS, comme la seule solution diagnostique basée sur le NGS disponible en clinique pour les infections fongiques invasives6.

 

Pour la préanalytique, l'envoi dans des tubes stabilisant l'ADN libre circulant (cfDNA) est nécessaire (par exemple, Streck Cell-Free DNA BCT, Streck, États-Unis). Les demandes s’effectuent en externe via le formulaire d’envoi de la pathologie infectieuse moléculaire et en interne via l’onglet « Diagnostic moléculaire (microbiologie) » dans les analyses de médecine de laboratoire.

 

Domaines d’application :

 

  • Fièvre d’origine inconnue (FUO)
  • Endocardite à culture négative
  • Suspicion d’infection fongique invasive en cas de diagnostic de routine négatif
  • Cas complexes chez des patients immunodéprimés
  • Antécédents de voyage et suspicion d’agents pathogènes rares
  • Suspicion de zoonoses
  • Abcès profonds sans possibilité de prélèvement invasif
  • Infections associées à des prothèses ou à des dispositifs médicaux en cas de cultures négatives
  • Prétreatment antibiotique, détectabilité par culture limitée
  • Autres situations infectieuses posant un défi diagnostique

 

En raison de sa réalisation groupée une fois par semaine, cette méthode n’est pas adaptée au diagnostic en phase aiguë.

 

Bibliographie :

1Blauwkamp, T.A., Thair, S., Rosen, M.J. et al. Analytical and clinical validation of a microbial cell-free DNA sequencing test for infectious disease. Nat Microbiol 4, 663–674 (2019).

 

2Park SY, Chang EJ, Ledeboer N et al.. 2023. Plasma Microbial Cell-Free DNA Sequencing from over 15,000 Patients Identified a Broad Spectrum of Pathogens. J Clin Microbiol 61:e01855-22.

 

3Wolf, Joshua, Kathryn P. Goggin et al. "Predicting bloodstream infection by plasma cell-free metagenomic sequencing: a prospective cohort study." The Lancet Microbe (2026).

 

4Esse, J., Träger, J., Steininger et al. , 2025. Metagenomic analysis of microbial cell-free DNA from plasma of patients with suspected infections: performance and therapeutic impact in clinical routine. Clinical Microbiology and Infection, 31(6), pp.1018-1025.

 

5Neidhöfer, C., Klein, N., Yürüktümen, A et al., 2025. Retrospective analysis of 300 microbial cell-free DNA sequencing results in routine blood stream infection diagnostics. Frontiers in cellular and infection microbiology, 15, p.1504262.

 

6Landscape analysis of commercially available diagnostics for fungal priority pathogens.Genf: WHO, 2023. https://www.who.int/publications/i/item/9789240105539